اصل ضد عفونی هیپوکلریت سدیم عمدتاً شامل سه جنبه است:
اسید هیپوکلروس از طریق هیدرولیز تشکیل می شود و اسید هیپوکلروس بیشتر تجزیه می شود و اکسیژن اکولوژیکی جدیدی تشکیل می دهد. خاصیت اکسید کننده قوی اکسیژن اکولوژیکی جدید، موادی مانند پروتئین ها را روی باکتری ها و ویروس ها دناتوره می کند و در نتیجه میکروارگانیسم های بیماری زا را از بین می برد.
اسید هیپوکلروس می تواند به باکتری ها (ویروس ها) نفوذ کند و با پلیمرهای آلی مانند پروتئین های باکتریایی (ویروسی)، اسیدهای نوکلئیک و آنزیم ها واکنش دهد و در نتیجه میکروارگانیسم های بیماری زا را از بین ببرد.
یون کلرید تولید شده توسط هیپوکلرو اسید می تواند فشار اسمزی باکتری ها و ویروس ها را به میزان قابل توجهی تغییر دهد و باعث شود سلول های آنها فعالیت خود را از دست داده و بمیرند.