علاوه بر مواد مضر، باکتری ها و ویروس های بی شماری در فاضلاب وجود دارد. بنابراین، ضد عفونی کلر به طور گسترده ای برای از بین بردن باکتری ها و ویروس های موجود در آب در مرحله پساب تصفیه خانه های آب و فاضلاب استفاده می شود.
در تصفیه آب خنک کننده در گردش صنعتی، از کلر برای استریل کردن و حذف جلبک ها نیز استفاده می شود. در فرآیند گردش آب خنک کننده، به دلیل تبخیر بخشی از آب، مواد مغذی موجود در آب متمرکز شده و باکتری ها و سایر میکروارگانیسم ها به مقدار زیاد تکثیر می شوند و به راحتی کثیفی لجن ایجاد می کنند. کثیفی بیش از حد لجن منجر به انسداد لوله و خوردگی می شود.
کلرزنی معمولاً شامل تزریق کلر به آب برای از بین بردن باکتری ها و سایر میکروارگانیسم ها، معمولاً در کلر بطری است.
برای حفظ اثر باکتریکشی، کلر باقیمانده باید همیشه در سطح {0}}.5 تا 1 میلیگرم در لیتر در آب تخلیهشده و در انتهای شبکه آبرسانی در 0 نگهداری شود. 0.05 ~ 0.1 میلی گرم در لیتر.